Обитает в лесных, степных и лесостепных районах. Встречается в различных пресных водоёмах: болотах, прудах, озёрах, плавнях, старицах, медленно текущих реках, каналах. Так же болотная черепаха встречается в солёных Кизелташском и Витязевском лиманах, возле ст. Благовещенская, Краснодарского края РФ. Рек с быстрым течением избегает, предпочитает равнинные водоёмы с пологими берегами, хорошо прогреваемыми мелководными участками, как заросшие растительностью, так и без неё.^[4]Иногда встречается в черте посёлков и городов. В горы поднимается на высоту до 1000 м над уровнем моря (на Сицилии до 1400 м, а в Марокко до 1700 м).

Как правило, держится вблизи водоёмов, но может и удаляться от них на небольшое расстояние. Изредка, например, во время размножения, черепахи уходят от воды иногда на расстояние до 500 м. В Азербайджане в Мильской степи черепах находили в 7—8 км от водоёмов.^[6] Хорошо плавает и ныряет, подолгу может оставаться под водой. В обычных условиях плавающие и кормящиеся в водоёме черепахи всплывают на поверхность через каждые 15—20 минут. Но в эксперименте черепахи в воде при температуре 18 °C без доступа воздуха выживали до двух суток.^[7] Полностью водной черепаху назвать нельзя — это полуводное животное.^[8] По суше передвигается не так быстро, как в воде, но проворнее сухопутных черепах.^[7] Осторожное животное: при опасности быстро скрывается в воде и зарывается в ил у берега или прячется под камнями, причем на Кавказе черепахи прыгают в воду даже с трёхметровых уступов.